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Ein so ambitioniertes Projekt wie das "Corpus der Quellen zur Geschichte der Juden im spätmittelalterlichen Reich" ist auf Kooperationspartner angewiesen. Neben den unter Mitwirkende separat aufgeführten Personen – zumeist (ehemalige) Universitätsangehörige, Stipendiaten und Archivare – zählen dazu auch Institutionen, unter denen die folgenden fünf hervorzuheben sind.
Darüber hinaus wird auf weitere, seit vielen Jahren bestehende Verbindungen des Arye Maimon-Instituts zu Wissenschaftlern unterschiedlicher Disziplinen in Frankreich, Italien, Spanien und den USA in Einzelfällen ad hoc rekurriert.
Akademie der Wissenschaften der Tschechischen Republik und Zentrum für mediävistische Studien der Universität Prag
Mit der Tschechischen Akademie der Wissenschaften und dem Zentrum für mediävistische Studien der Universität Prag besteht bereits seit 2009 eine Kooperationsvereinbarung. Vom 1. März 2011 bis zum 31. Dezember 2014 wurde am Historischen Institut der Akademie der Wissenschaften das Projekt "Coexistence of the Christian and Jewish Population in Medieval Bohemia" (1273–1390) unter der Leitung von Eva Doležalová von der Grantová Agentura ČR gefördert. In dem Vorhaben wurden und werden darüber hinaus noch immer die bislang nur unzureichend erschlossenen Quellen zur Geschichte der Juden in Böhmen und Mährensystematisch aufgearbeitet. Der erste, bis 1347 reichende Band mit Regesten in tschechischer Sprache ist im Juni 2015 erschienen. Die bearbeiteten Quellen werden in deutscher Übersetzung des Regests und des Kommentars (im Falle alttschechischer Volleditionen erfolgt auch eine Übersetzung des Quellentexts) ebenfalls in die Projektdatenbank des Akademievorhabens einfließen. Projektmitarbeiter ist Martin Musílek vom Zentrum für mediävistische Studien; ferner sind in die Projektarbeit eingebunden Dr. Jana Zachová (Zentrum für mediävistische Studien), Dr. Lenka Blechová (Historisches Institut) und Dr. Tamás Visi (Universität Olmütz).
Zur Website der Akademie der Wissenschaften der Tschechischen Republik
Zur Website des Zentrum für mediävistische Studien der Universität Prag
Hebräische Universität Jerusalem
Zwischen dem Fachbereich III der Universität Trier und der "Faculty of Humanities" der Hebräischen Universität Jerusalem wurde im März 2010 eine Kooperationsvereinbarung geschlossen, insbesondere um die Förderung von Einzelvorhaben des Trierer Arye Maimon-Instituts für Geschichte der Juden (einschließlich der daran angeschlossenen Projekte) mit potentiellen Partnern an der Hebräischen Universität zu forcieren. Über die ohnehin schon seit vielen Jahren bestehenden intensiven Kontakte und Kooperationen hinaus wurde unter Anleitung von Prof. Dr. Simcha Emanuel, dem wohl weltweit besten Kenner der hebräischen Responsenliteratur des Mittelalters, ein vom Forschungsfonds der Universität Trier gefördertes Pilotprojekt zur Erschließung hebräischer Rechtsgutachten für das Akademieprojekt im Zeitraum zwischen August 2011 und Juli 2012 durchgeführt. Auf Grundlage der dabei gewonnenen Erkenntnisse wird im Laufe des Jahres 2015 ein Projektantrag eingereicht
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Institut für jüdische Geschichte Österreichs in St. Pölten
Intensive Kontakte bestehen auch zu dem von Prof. Dr. Martha Keil geleiteten Institut für jüdische Geschichte Österreichs in St. Pölten. Da dort bereits in mehreren vom Fonds zur Föderung der wissenschaftlichen Forschung finanzierten Projekten von den beiden Institutsmitarbeiterinnen Dr. Eveline Brugger und Dr. Birgit Wiedl die ersten vier Bände der "Regesten zur Geschichte der Juden in Österreich" (Bd. 1: bis 1338, Bd. 2: 1339–1365, Bd. 3: 1366–1386, Bd. 4: 1387–1404) in vorbildlicher Form vorgelegt wurden, können zumeist deren Regesten in den Fällen, in denen kein Volltextabdruck notwendig ist, in knapper Form wiedergegeben werden. Für die in dieser Reihe nicht berücksichtigten seriellen Quellen beabsichtigen die beiden Bearbeiterinnen nach Abschluss ihres derzeit laufenden Vorhabens ein weiteres Projekt zu beantragen.
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Historisches Seminar der LMU München
Eine Kooperation besteht seit dem Frühjahr 2015 mit dem am Historischen Seminar der Ludwig-Maximilians-Universität München angesiedelten interdisziplinären Forschungsprojekt „Juden im mittelalterlichen Regensburg“ unter Leitung von Prof. Dr. Eva Haverkamp (Geschichte) und Prof. Dr. Bernd Päfgen (Archäologie). Im Rahmen des von der Stadt Regensburg geförderten Projekts werden unter anderem die historisch relevanten Schriftquellen zur Geschichte der Juden in Regensburg und Umgebung von den Mitarbeiterinnen Veronika Nickel, M.A., Astrid Riedler-Pohlers, M.A., und Sophia Schmitt, M.A., nach den Richtlinien des Mainzer Akademieprojekts erfasst, bearbeitet und auf dessen Projektwebsite der Öffentlichkeit zugänglich gemacht.
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Seminar für Judaistik der Goethe-Universität Frankfurt am Main

An dem von Prof. Dr. Elisabeth Hollender geleiteten Seminar für Judaistik wurde zum 1. Januar 2014 in Kooperation mit der Akademie der Wissenschaften und der Literatur | Mainz vom Land Hessen eine Arbeitsstelle des Mainzer Akademieprojekts eingerichtet. Im Umfang einer halben Mitarbeiterstelle bearbeitet David Schnur mit den Frankfurter und Wetterauer Quellen die umfangreichste spätmittelalterliche Überlieferung zur Geschichte der Juden in Mitteleuropa.